Portails | Alignements | Analyses nucleiques | Analyses proteiques | Banques ADN | Banques ARN
Banques génomiques | Bibliographie| Outils PCR | Taxonomie | Vecteurs de clonage

 

PORTAILS BIOINFORMATIQUES

	National Center for Biotechnolgy Information (NCBI)
	Publications scientifiques, recherche de séquences (PubMed, Blast, Orfinder, Taxbrowser...).
	European Bioinformatics Institute (EBI)
	Outils d’alignement et d’analyses phylogénétiques (Align, ClustalW, Fasta).
	Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)
	Voies métaboliques, répertoire des gènes et des biomolécules (Pathway, Genes, Ligand).
	EXpert Protein Analysis System (EXPASY)
	Informations complètes sur les protéines et les enzymes (Swiss-Prot, Enzyme).
	Infobiogen (Fermé le 15 juillet 2006) !
	Portail français de la bioinformatique (documentation, outils en ligne, adresses, deambulum).
	Bioweb Pasteur
	Annuaire bioinformatique de l'Institut Pasteur.
	BioTools
	Outils bioinformatiques de l'Université du Massachusetts.
	Bioinformatics.net
	Catalogue des outils bioinformatiques.

 

ALIGNEMENTS

	Dottup (Bioweb)
	Réalisation d'un dotplot simple.
	JDotter
	Réalisation d'un dotplot (nécessite le module Java).
	Dotlet
	Réalisation d'un dotplot (nécessite le module Java).
	EMBOSS-Needle
	Alignement global avec needle.
	Stretcher
	Alignement global.
	Blast du NCBI
	Alignement local avec blast (banques interrogées : Genbank, EMBL, DDBJ, PDB).
	FASTA EBI
	Alignement local avec FASTA. Plus sélectif que Blast, mais moins rapide.
	LALIGN
	Alignement local entre deux séquences. Compare deux séquences nucléotidiques ou protéiques et détermine les segments ayant les meilleurs scores.
	MultAlin
	Réalise un alignement multiple et présente les résultats sous forme de séquences colorées avec détermination d'une séquence consensus.
	Phylip
	Construction des arbres phylogénétiques.
	ClustalW
	Alignement multiple et construction des arbres phylogénétiques.
	TCoffee (IGS) ou Tcoffee (EMBNET)
	Réalise un alignement multiple et détermine une séquence consensus. Il présente également les séquences alignées sous différents formats (ClustalW, Phylip...).

 

ANALYSES NUCLEIQUES

	Weblogo
	Réalisation d'une séquence logo.
	Readseq (EBI)
	Conversion de format de fichiers.
	Dna Stat (Sequence manipulation Suite)
	Détermination de la composition en bases et du taux de GC.
	Chips (Bioweb Pasteur) ou CodonTree (Bioweb)
	Statistiques d'usage des codons d'une séquence.
	CpGplot (Bioweb Pasteur)
	Recherche des ilôts CpG.
	ORFinder (NCBI) ou Translate (Expasy) ou Transeq (EBI)
	Traduction dans les 6 phases de lecture et recherche des ORF ("Open Reading Frame").
	TACG (BioTools) ou NEBcutter ou WebCutter
	Etablissement de la carte de restriction d’une séquence avec choix des enzymes.
	GeneMark ou GeneMark (EBI)
	Prédiction de gènes eucaryotes et procaryotes.
	VecSreen (NCBI) ou EMVEC (EBI)
	Détection de contamination par des fragments de vecteurs de clonage.
	Outils pour ARN (Bioweb) ou RNA world
	Outils d'analyse pour ARN.

 

ANALYSES PROTEIQUES

	ProtParam (EXPASY) ou Pepstats (Bioweb) ou Protein Calculator
	Analyses de la séquence primaire d'acides aminés (composition, PM, pI...).
	Psipred ou NNPredict ou JPred ou Predator
	Prédiction des structures secondaires.
	TMpred ou TMMOD ou TMHMM
	Prédiction des régions et des hélices transmembranaires.
	SignalP
	Prédiction de peptide signal.
	Prosite ou Protein motif (BioTools)
	Banque de motifs.
	Swiss-Model (EXPASY)
	Modélisation 3D.

 

BANQUES PROTEIQUES

	Uniprot
	Consortium regroupant Swiss-Prot-TrEMBL-PIR.
	Swiss-prot/TrEMBL
	Banque développée par l'Institut Suisse de Bioinformatique. Elle rassemble des séquences protéiques déterminées par séquençage direct et des séquences déduites à partir des séquences codantes provenant de l'EMBL : TrEMBL (TRanslation of EMBL). Système d'interrogation : par mots clés et numéro d'accession.
	Trembl
	Séquences déduites à partir des séquences codantes des banques nucléotidiques EMBL/GenBank/DDBJ.
	PIR
	Séquences protéiques et outils d’analyses.
	Protein Data Bank (PDB)
	Structure 3D des protéines. Fichiers PDB téléchargeables ou visualisables en ligne.

 

BANQUES ADN

	Genbank
	Banque nucléique américaine. Format de fichier spécifique. Système d'interrogation : Entrez.
	European Molecular Biology Library (EMBL)
	Banque nucléique européenne. Format de fichier spécifique. Système d'interrogation : SRS.
	DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
	Banque nucléique japonaise. Même format que Genbank. Système d'interrogation : SRS.
	NDB (Nucleic Acid Database)
	Banque de structures tridimensionnelles des acides nucléiques.

 

BANQUES ARN

	The European Ribosomal RNA database
	Séquences et structures des ARNr.
	RNA Structure Database
	Base de données des structures 3D d'ARN.
	Outils d'analyse des ARN
	Site Bioweb Pasteur.
	The RNA world
	Compilation de liens.

 

BANQUES GENOMIQUES

	Gene (NCBI)
	Base de données des gènes et leur localisation chromosomique.
	Map Viewer (NCBI)
	Génomes complets.
	Ensembl
	Projet d'annotation des génomes eucaryotes.
	Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
	Banque d'informations sur les maladies génétiques chez l’Homme. Banque nucléique américaine.
	ORPHANET
	Banque d'informations sur les maladies rares et les médicaments orphelins.
	GENESCARDS
	Base de données des gènes humains.
	GENATLAS Database
	Atlas des gènes humains.
	HUGO Gene Nomenclature Committee (Human Genome Organisation)
	Base de données des gènes humains et leur nomenclature.

 

BIBLIOGRAPHIE

	PubMed
	PubMed - Medline Publications dans le domaine des sciences de la vie.
	Google Scholar
	Publications scientifiques avec Google. Très puissant.
	ConnectSciences
	Service du CNRS. Recherche d'articles, thèses…

 

TAXONOMIE

	Taxbrowser (NCBI)
	Explorateur taxonomique du NCBI.
	The Tree of Life Web project
	Arbre phylogénétique et classification des espèces. Des informations sur l'évolution et les caractéristiques des organismes.
	List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
	Nomenclature bactérienne.
	The Universal Virus Database
	Développée par le Comité international de taxonomie des virus (International Committee on Taxonomy of Viruses). A voir le poster des virus : Virosphère.

 

OUTILS PCR

	Primer3 (bioTools) ou Primer3 (Whitehead Institute)
	Design et optimisation des amorces.
	PrimerQuest
	Design et optimisation des amorces.
	FastPCR
	Design et optimisation des amorces (logiciel téléchargeable).
	PerlPrimer
	Design et optimisation des amorces (logiciel téléchargeable).
	Oligocalc ou TmPred ou Promega ou Netprimer
	Détermination de la Tm des amorces y compris la méthode thermodynamique.

 

VECTEURS DE CLONAGE

	VectorDB
	Base de données des vecteurs (plasmide, phage, cosmide, YAC, BAC...).
	Promega/Vectors
	Promega propose une collection de tous les vecteurs de clonage avec séquence et représentation graphique.